1969年，美国麻省理工大学的Francis Bitter磁场研究所中，David Cohen博士进行了人类史上第一次脑部磁场图像测量，自此脑磁图（Magnetoencephalography，简称 MEG）开始在神经科学方面崭露头角。
最早的MEG只有单通道检测，传感器在测量过程中围绕着头部旋转。这种测量方式不仅精度低，测量过程后期的数据处理也极为麻烦。
随着基于约瑟夫效应的超导量子传感器（Superconductor Quantum Interference Devices, SQUID）技术的进步，MEG渐渐由几十通道发展到数百通道。测量精度的提升让MEG逐渐被应用在神经科学、神经外科学、癫痫、小儿神经疾病等临床学科。
2018年英国诺丁汉大学 Sir Peter Mansfield 影像中心在新一期英国《Nature 》杂志上，首次发表了基于原子磁力计的脑磁图系统。这种新型测量方式解决了SQUID脑磁图笨重、昂贵、使用成本高等一系列问题，在神经科学领域引起了巨大反响，标志了脑磁图系统进入了新的时代。